MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Halophilic archaeon DL31 plasmid phalar02

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015959	AT	4	8	78	85	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015959	TTA	2	6	90	95	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015959	CGAA	2	8	1611	1618	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_015959	ACT	2	6	1665	1670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015959	GGA	2	6	1695	1700	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015959	CGC	2	6	1715	1720	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_015959	CGT	2	6	1869	1874	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015959	ACG	2	6	1902	1907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015959	GT	3	6	1913	1918	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015959	CGA	2	6	1959	1964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015959	GCAG	2	8	2004	2011	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_015959	GCG	2	6	3114	3119	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015959	ACC	2	6	3123	3128	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_015959	TCC	2	6	3402	3407	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_015959	CGGT	2	8	4474	4481	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015959	TCG	2	6	4491	4496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015959	GAG	2	6	4502	4507	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015959	CGG	2	6	4521	4526	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015959	CGC	2	6	4534	4539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_015959	CCG	2	6	4555	4560	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_015959	GC	3	6	4561	4566	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_015959	CAA	2	6	4608	4613	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015959	C	7	7	4621	4627	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
24	NC_015959	ACA	2	6	4661	4666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015959	AG	3	6	4670	4675	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015959	AAT	2	6	4687	4692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015959	ACG	2	6	4735	4740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015959	GAG	2	6	4743	4748	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015959	GAG	3	9	4761	4769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015959	GTT	2	6	4817	4822	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015959	ACT	2	6	4839	4844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015959	ACA	2	6	5285	5290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015959	GCT	2	6	5307	5312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015959	ATA	2	6	5373	5378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015959	ACC	2	6	5400	5405	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_015959	CGGT	2	8	5410	5417	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015959	GTGC	2	8	5436	5443	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_015959	TTCAA	2	10	5444	5453	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015959	GT	3	6	9685	9690	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015959	CTC	2	6	9697	9702	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_015959	GCGA	2	8	9703	9710	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_015959	C	6	6	9745	9750	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
43	NC_015959	TC	3	6	9797	9802	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015959	GCC	2	6	9896	9901	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_015959	AACA	2	8	9940	9947	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_015959	GC	4	8	9991	9998	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015959	CGC	2	6	10033	10038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_015959	TCTCGG	2	12	10125	10136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015959	AGTTCG	2	12	10150	10161	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015959	CCTT	2	8	10165	10172	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015959	CGT	2	6	10249	10254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015959	CGC	2	6	11045	11050	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_015959	CGA	2	6	11148	11153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015959	ACG	2	6	11243	11248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015959	CAGCCC	2	12	11294	11305	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_015959	ACG	2	6	11399	11404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015959	GC	4	8	11428	11435	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015959	CGC	2	6	11438	11443	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_015959	TC	3	6	11687	11692	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015959	ACC	2	6	11720	11725	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_015959	CGG	2	6	11827	11832	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015959	GGA	2	6	12771	12776	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015959	TGC	2	6	12841	12846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015959	GCT	2	6	12897	12902	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015959	ATCCAG	2	12	14200	14211	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015959	ATTCA	2	10	14237	14246	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015959	GCT	2	6	14256	14261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015959	GAG	2	6	14283	14288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015959	ACG	2	6	14769	14774	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015959	AAG	2	6	14781	14786	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015959	GCT	2	6	14851	14856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015959	CGG	2	6	14879	14884	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015959	ATT	2	6	14893	14898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015959	CGA	2	6	14923	14928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015959	TCT	2	6	14945	14950	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015959	CG	4	8	14976	14983	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_015959	ACT	2	6	15035	15040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_015959	GAC	2	6	15041	15046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015959	AAG	2	6	15071	15076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015959	ACG	2	6	15083	15088	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015959	TCC	2	6	15131	15136	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_015959	GA	3	6	15155	15160	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015959	GAAA	2	8	15180	15187	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015959	GCG	2	6	15197	15202	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015959	AAC	2	6	16087	16092	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015959	CTC	2	6	16200	16205	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_015959	CAG	2	6	16222	16227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015959	TAA	2	6	16235	16240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015959	CAG	2	6	16371	16376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_015959	GGCG	2	8	17319	17326	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
91	NC_015959	CG	4	8	17351	17358	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015959	GAA	2	6	17469	17474	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015959	TA	4	8	17779	17786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015959	CCG	2	6	17840	17845	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_015959	TCT	2	6	17907	17912	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015959	CGA	2	6	18029	18034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015959	GA	3	6	18033	18038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015959	ACGG	2	8	18042	18049	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_015959	GCTGTC	2	12	18061	18072	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015959	GGC	2	6	18073	18078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015959	GCC	2	6	18084	18089	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_015959	CACT	2	8	18106	18113	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015959	TCGG	2	8	18126	18133	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_015959	AGCA	2	8	19310	19317	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_015959	GCA	2	6	20525	20530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_015959	TGT	2	6	20882	20887	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015959	G	6	6	20899	20904	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015959	ACAG	2	8	20926	20933	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015959	TTG	2	6	20934	20939	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015959	ACG	2	6	20947	20952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015959	TAC	2	6	21055	21060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_015959	CGA	3	9	21072	21080	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015959	ACA	2	6	21097	21102	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015959	ACC	2	6	21452	21457	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_015959	GTA	2	6	21529	21534	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015959	TAC	2	6	22515	22520	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_015959	TG	3	6	22579	22584	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015959	ACG	2	6	22863	22868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_015959	TCC	2	6	22872	22877	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_015959	AC	3	6	22886	22891	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_015959	CTA	2	6	23642	23647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.